Optimice sus consultas para la caché de consultas
La mayoría de los servidores MySQL están habilitados para el almacenamiento en caché de consultas. Es una de las mejores estrategias para mejorar el rendimiento, que el motor de la base de datos se ocupa discretamente. Siempre que se ejecuta la misma consulta varias veces, el resultado proviene de la caché, por lo que es mucho más rápido.
EXPLIQUE sus consultas SELECT
Para obtener una idea de lo que está haciendo MySQL para ejecutar su consulta, use la palabra clave EXPLAIN. Esto ayuda a identificar cuellos de botella y otros problemas que pueden estar preocupando su consulta u otros objetos de la base de datos.
LÍMITE 1 al obtener una fila única
Al consultar sus tablas por solo una fila, o la existencia de registros que coinciden con una cláusula WHERE determinada, se recomienda agregar LIMIT 1 a su consulta SELECT para aumentar el rendimiento. Esto significa que el motor de la base de datos devolverá resultados después de encontrar solo un registro en lugar de escanear todo el objeto de la base de datos.
Indexar los campos de búsqueda
Si hay columnas en sus tablas que usará para Búsqueda por consultas, se recomienda que siempre las indexe.
Indexe y use los mismos nombres de columna para las uniones
También es una buena práctica indexar siempre las columnas utilizadas en un JOIN. Esto mejora significativamente la forma en que MySQL optimiza la operación JOIN. Además, asegúrese de que las columnas que se unen sean del mismo tipo de datos. Si son de diferentes tipos, es posible que MySQL no pueda usar uno de los índices.
Evite seleccionar todo (SELECCIONAR *)
La cantidad de datos que lee de las tablas afecta significativamente la velocidad de la consulta. Afecta el tiempo que se tarda en realizar las operaciones del disco. Si se accede al servidor de la base de datos a través de una red, influirá en el tiempo necesario para transferir datos a través de la red. Una de las mejores prácticas de MySQL es siempre especificar qué columnas necesita cuando está haciendo su SELECT.
Elija el motor de almacenamiento adecuado
MySQL tiene dos motores de almacenamiento principales; MyISAM e InnoDB. Cada uno de estos tiene sus ventajas y desventajas.
MyISAM se recomienda para aplicaciones con mucha lectura, aunque su rendimiento es deficiente en los casos en los que hay muchas escrituras. Los objetos de la base de datos se bloquean cuando se realiza una operación en ellos, independientemente de lo simples que sean. MyISAM sería útil al realizar numerosas consultas SELECT COUNT (*).
InnoDB tiende a ser un motor de almacenamiento más sofisticado. Sin embargo, puede ser un poco más lento que MyISAM para muchas aplicaciones pequeñas. Pero admite el bloqueo basado en filas, que escala mejor. También puede manejar algunas funciones más avanzadas, como transacciones.
Fuentes
https://www.fullstackpython.com/blog/install-mysql-ubuntu-1604.html
https://code.tutsplus.com/tutorials/top-20-mysql-best-practices–net-7855